嘉義市天主教輔仁中學緣於民國二十年天主教聖言會創辦，原為北平輔仁大學附設中學。

民國五十年，教會任派當時在菲律賓傳教的朱秉文神父返國籌建，擇定校地於現址。

民國五十一年奉省教育廳令核准立案招生，校名為嘉義縣私立輔仁初級中學。民國七十一年七月嘉義市改制，更名為嘉義市私立輔仁高級中學。